中央基層預算單位綜合財政管理是公共財政管理的重要組成部分，實施和加強中央基層預算單位的綜合財政管理，對促進中央基層預算單位國有資產(chǎn)管理、預算管理和財務管理的規(guī)范化、科學化、精細化和信息化，保障中央基層預算單位預算資金和國有資產(chǎn)安全完整、合理配置和有效利用，建立符合公共財政要求的行政事業(yè)單位財政管理體制都具有重要的意義。

　　專員辦對中央基層預算單位實施綜合財政管理應做好四個方面的工作，一是要堅持資產(chǎn)管理、預算管理和財務管理相結(jié)合，通過對預算編制和執(zhí)行情況的監(jiān)督，反映中央基層預算單位履行職能合法合理的財政資金需求；通過資產(chǎn)管理，反映其資產(chǎn)使用狀態(tài)和價值；通過財務管理，反映其核算的真實性、合法性和有效性；二是要建立健全綜合財政管理的制度體系，進一步梳理財政部對專員辦實施綜合財政管理的各項授權，從資產(chǎn)管理、預算管理和財務管理三個方面完善制度，形成統(tǒng)一、完整的制度體系；三是在建立比較完善制度體系的基礎上，開展對中央基層預算單位綜合財政管理試點工作；四是要處理好對中央基層預算單位專項檢查和綜合財政管理的關系，綜合財政監(jiān)管要做到統(tǒng)一處室、統(tǒng)一制度、統(tǒng)一標準，對涉及中央收入、中央支出以及其他專項監(jiān)管事項的，可以整體納入綜合財政監(jiān)管范圍內(nèi)實施監(jiān)管，以提高工作效率和質(zhì)量。