關(guān)聯(lián)方業(yè)務往來的會計和稅務處理存在一些差異，這可能對企業(yè)利潤以及納稅所得額等重要指標的計算產(chǎn)生影響，需要引起關(guān)注。
在關(guān)聯(lián)方交易的賬面價值確定上，會計遵循實質(zhì)重于形式原則，一般以交易價格確認收入，而關(guān)聯(lián)方之間實際交易價格超過確認為收入的部分，可按其差價計人資本公積，《特別納稅調(diào)整實施辦法（試行）》將“轉(zhuǎn)讓定價方法”作為重要的一章，要求按可比非受控價格法、再銷售價格法、成本加成法、交易凈利潤法、利潤分割法和其他符合獨立交易原則的方法確認和調(diào)整其計稅收入，要求關(guān)聯(lián)企業(yè)業(yè)務往來應當按照獨立企業(yè)之間的業(yè)務往來收取或者支付價款、費用，否則將調(diào)整其應納稅額。
對于關(guān)聯(lián)方借款利息的稅前扣除問題，《企業(yè)會計準則第17號——借款費用（2006）》第二條規(guī)定，企業(yè)發(fā)生的借款費用，可直接歸屬于符合資本化條件的資產(chǎn)的購建或者生產(chǎn)的，應當予以資本化，計入相關(guān)資產(chǎn)成本，其他借款費用，應當在發(fā)生時根據(jù)其發(fā)生額確認為費用，計入當期損益，而對于關(guān)聯(lián)方之間的借款利息扣除并沒有專門的限制規(guī)定。按照《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》第四十六條規(guī)定，企業(yè)從其關(guān)聯(lián)方接受的債權(quán)性投資與權(quán)益性投資的比例超過規(guī)定標準而發(fā)生的利息支出，不得在計算應納稅所得額時扣除�！�特別納稅調(diào)整實施辦法（試行）》第九章《資本弱化管理》對此散了補充說明，即：不得扣除利息支出＝年度實際支付的全部關(guān)聯(lián)方利息×（1-標準比例／關(guān)聯(lián)債資比例）。《財政部 國家稅務總局關(guān)于企業(yè)關(guān)聯(lián)方利息支出稅前扣除標準有關(guān)稅收政策問題的通知》（財稅[20081121號）規(guī)定了關(guān)聯(lián)方債權(quán)性投資與權(quán)益性投資標準比例，金融企業(yè)為5：1，其他企業(yè)為2：1；按照《國家稅務總局關(guān)于企業(yè)向自然人借款的利息支出企業(yè)所得稅稅前扣除問題的通知》（國稅函[2009]777號），企業(yè)向股東或其他與企業(yè)有關(guān)聯(lián)關(guān)系的自然人借款的利息支出，按照以上方式計算企業(yè)所得稅扣除額，而企業(yè)向股東和有關(guān)聯(lián)關(guān)系的自然人以外的內(nèi)部職工或其他人員借款的利息支出，其借款情況同時符合條件的，其利息支出在不超過按照金融企業(yè)同期同類貸款利率計算的數(shù)額的部分準予扣除；同時，按照《特別納稅調(diào)整實施辦法（試行）》第八十九條，企業(yè)關(guān)聯(lián)方債權(quán)性投資超過規(guī)定比例后，準予在一定條件下，超過部分的利息支出仍能獲得稅前抵扣。
對于關(guān)聯(lián)方之間債務、費用的承擔，會計的一般處理為：對于承擔方，關(guān)聯(lián)方是上市公司的子公司時，承擔方應按所承擔的債務、費用計入“營業(yè)外支出—承擔關(guān)聯(lián)方債務”、“營業(yè)外支出—承擔關(guān)聯(lián)方費用”；關(guān)聯(lián)方是上市公司的母公司或同受一個公司的控制或共同控制時，承擔方應按承擔的債務或費用作為對母公司的利潤分配；關(guān)聯(lián)方是上市公司的董事監(jiān)事高層管理人員時，承擔方應按承擔的債務或費用作為對董事監(jiān)事、高層管理人員的報酬支付或形成債權(quán)。對于被承擔方，按承擔方實際為其承擔的債務計入“資本公積—關(guān)聯(lián)交易差價”，按照支出情況的不同將其反映在成本費用中或計入“資本公積一關(guān)聯(lián)交易差價”。稅法對關(guān)聯(lián)方承擔債務費用的一般處理為：承擔方將所承擔的債務費用計入“其他各項支出”，不得在稅前扣除；被承擔方將其計入捐贈收入（非公益性），并按所得額繳納所得稅。此外，《特別納稅調(diào)整實施辦法（試行）》第七章“成本分攤協(xié)議管理”規(guī)定，企業(yè)與其關(guān)聯(lián)方簽署成本分攤協(xié)議，有“不具有合理商業(yè)目的和經(jīng)濟實質(zhì)”、“不符合獨立交易原則”、“沒有遵循成本與收益配比原則”等所示情形之一的，其自行分攤的成本不得稅前扣除。
在關(guān)聯(lián)方應收賬款的處理上，《財政部關(guān)于印發(fā)（企業(yè)會計制度）的通知》（財會[2000]25號）第五十三條稱，“除有確鑿證據(jù)表明該項應收款項不能夠收回或收回的可能性不大外（如債務單位已撤銷，破產(chǎn)、資不抵債、現(xiàn)金流量嚴重不足、發(fā)生嚴重的自然災害等導致停產(chǎn)而在短時間內(nèi)無法償付債務等，以及3年以上的應收款項），下列各種情況不能全額計提壞賬準備：（一）當年發(fā)生的應收款項；（二）計劃對應收款項進行重組，（三）與關(guān)聯(lián)方發(fā)生的應收款項；（四）其它已逾期，但無確鑿證據(jù)表明不能收回的應收款項。”也就是說，關(guān)聯(lián)方之間發(fā)生的應收賬款的會計處理為：有確鑿證據(jù)表明該項應收款項不能夠收回或收回的可能性不大的，可全額計提壞賬準備；否則，不可全額計提壞賬準備，但并沒有完全限制關(guān)聯(lián)方之間往來賬款提取壞賬準備金。