如果被兼并企業(yè)喪失了法人資格，兼并企業(yè)應將其轉讓的資產、負債等納入本企業(yè)帳內，統(tǒng)一進行核算。企業(yè)應做好資產驗收、核實債權、債務工作，并及時組織入帳。
1.采取有償方式兼并的，按被兼并企業(yè)資產、負債的帳面價值記帳。因為被兼并企業(yè)在產權轉讓前進行了財產清查、資產評估，并得到了國有資產管理部門的確認，評估后的資產價值作為產權轉讓的底價，并按其調整了資產的帳面價值，這就為兼并企業(yè)提供了記帳依據。兼并企業(yè)一般應以被兼并企業(yè)提供的結束舊帳前的科目余額表，登記入帳。進行帳務處理時，按資產的帳面價值，借記所有資產科目，按成交價高于評估確認的凈資產的差額，借記“無形資產——商譽”科目，按負債的帳面價值，貸記所有負債科目，按確定的成交價，貸記“專項應付款——應付兼并企業(yè)款”科目。
2.采取無償劃轉方式兼并的，按各項資產、負債評估確認的價值，借記所有資產科目，貸記所有負債科目，兩者之間如有差額，貸記“實收資本”科目。
3.商譽的核算。在企業(yè)兼并時，產權轉讓成交價往往與企業(yè)的凈資產不一致，其差額按照規(guī)定可由兼并企業(yè)作為商譽入帳。一家企業(yè)因所處的地理位置優(yōu)越，或由于信譽良好而獲得了客戶的信任，或由于經營管理人員能力超群，或由于歷史悠久，積累了豐富的從事本行業(yè)的經驗，或由于技術先進，掌握了生產的訣竅等原因，均會形成商譽。商譽的實質在于，它是一家企業(yè)的盈利能力超過了本行業(yè)平均獲利水平或正常投資回報率。商譽是一種不可辨認的無形資產，不能獨立于企業(yè)存在，也不能單獨出售。由于商譽的價值存在著許多不確定性，它難以確切計量，在會計上，往往以產權轉讓價格減去被兼并企業(yè)凈資產的差額確認為商譽的價值。目前，我國對于商譽的會計處理方法，實際上是采用將其單獨確認為一項資產，將兼并成交價高于評估確認的被兼并企業(yè)凈資產的數額，作為商譽，確認為無形資產，并在規(guī)定的年限內分期攤銷。
4.負商譽的核算。在少數情況下，兼并時所取得的凈資產價值會超過支付的產權轉讓價格，這就是負商譽。負商譽的存在可能由于被并企業(yè)還有一些賬面上未能反映的不確定因素，這些因素影響企業(yè)將來的經營活動，導致以后各期利潤的下降。
在國際會計核算的慣例上，對合并產生的負商譽，有三種處理方法：
一是將負商譽作為遞延收益處理，并在確定的期限內按系統(tǒng)的方法確認為收益。其理由是，負商譽的產生是在預期內被合并企業(yè)由于其劣勢而可能發(fā)生未來虧損或利潤不足，但它們又不能歸咎于任何可辨認的資產和負債。
二是將凈資產公允價值超過合并成本的差額分攤到除長期有價證券之外的非貨幣資產，如果這些非流動資產已降低到零值，則未分攤的差額，再按第一種方法處理。其理由是，購買成本主要是按照被合并企業(yè)中存在的可辨認資產和負債來確定的，除長期有價證券以外的非貨幣性資產，其公允價值通常難以確定，很有可能是其公允價值高估了，而實際上并不是什么商譽；另外，由于流動資產、負債和長期有價證券的公允價值一般容易確定，其公允價值發(fā)生的可能性要少于實際存在負商譽的可能性。
三是將凈資產公允價值超過合并成本的差額作為購買方權益的增加。其理由是，購買人負商譽產生的特定原因是不可能確定的，因而，找不到根據來減記一項資產的價值或者作為遞延收益記錄為一項負債。
由于目前我國對負商譽的有關問題，沒有作出明確的規(guī)定，因此，對負商譽的核算，沒有作相應的會計處理。雖然如此，實際上企業(yè)在兼并時，還有另一種潛在的負債存在。例如，被兼并企業(yè)大量的退休人員以及數額龐大的退休費支出，按照現行的會計制度，帳上未反映為負債，而是在實際支出時計入管理費用。這類因素使兼并后各期的利潤減少，實施兼并的企業(yè)會要求以低于凈資產公眾價值的代價合并。
5.支付產權轉讓價款的核算。按照規(guī)定兼并企業(yè)支付產權轉讓價款時，借記“專項應付款——應付兼并企業(yè)款”科目，貸記“銀行存款”科目。
