近年來我國非營利組織發(fā)展迅速，在消除貧困、發(fā)展教育、保護環(huán)境等方面發(fā)揮了重要作用，成為建設(shè)社會主義和諧社會不可缺少的力量，為了進一步規(guī)范非營利組織的納稅秩序，財政部、國家稅務(wù)總局發(fā)布了《關(guān)于非營利組織企業(yè)所得稅免稅收入問題的通知》財稅[2009]122號（以下簡稱“財稅[2009]122號”）和《關(guān)于非營利組織免稅資格認定管理有關(guān)問題的通知》財稅[2009]123號（以下簡稱“財稅[2009]123號”）。
非營利組織的概念
非營利組織指那些不以營利為目的、不分配收益、活動有公益性或互助互益性，主要從事、慈善、科學、教育、文化、衛(wèi)生、扶貧和法律援助等事業(yè)和活動的組織。其組織形式主要有三類：社團、民辦非企業(yè)單位和基金會。根據(jù)上述非營利組織的定義，非營利組織有如下五個方面的特點：非營利性；非政府性：公益眭或互助互益性；獨立性；志愿性。
明確五項免稅范圍
企業(yè)所得稅法實旋條例第八十五條規(guī)定：符合條件的非營利組織的收入，不包括非營利組織從事營利性活動取得的收入，但國務(wù)院財政、稅務(wù)主管部門另有規(guī)定的除外。根據(jù)上述規(guī)定，非營利組織取得的以下兩類收入不免稅：
1.不符合條件的非營利組織取得的收入不免稅：
2.非營利組織從事營利性活動取得的收入不免稅。
根據(jù)財稅[2009]122號，非營利組織的下列收入為免稅收入：
1.接受其他單位或者個人捐贈的收入：
2.除《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》第七條規(guī)定的財政撥款以外的其他政府補助收入，但不包括因政府購買服務(wù)取得的收入：
3.按照省級以上民政、財政部門規(guī)定收取的會費；
4.不征稅收入和免稅收入孳生的銀行存款利息收入：
5.財政部、國家稅務(wù)總局規(guī)定的其他收入。
即使非營利組織符合免稅條件，也不一定其所有的收入都能夠免稅，能夠免稅的只限于非營利組織從事非營利性活動取得的收入。我國的非營利組織一般不能從事營利性活動，為規(guī)范此類組織的活動，防止從事營利性活動可能帶來的稅收漏洞，對非營利組織的營利性活動取得的收入，不予免稅。
申請方可免稅
經(jīng)省級（含省級）以上登記管理機關(guān)批準設(shè)立或登記的非營利組織，凡符合規(guī)定條件的，應(yīng)向其所在地省級稅務(wù)主管機關(guān)提出免稅資格申請，并提供本通知規(guī)定的相關(guān)材料；經(jīng)市（地）級或縣級登記管理機關(guān)批準設(shè)立或登記的非營利組織，凡符合規(guī)定條件的，分別向其所在地市（地）級或縣級稅務(wù)主管機關(guān)提出免稅資格申請，并提供本通知規(guī)定的相關(guān)材料。申請享受免稅資格的非營利組織，需報送以下材料：
1.申請報告：
2.事業(yè)單位、社會團體、基金會、民辦非企業(yè)單位的組織章程或宗教活動場所的管理制度；
3.稅務(wù)登記證復(fù)印件；
4.非營利組織登記證復(fù)印件：
5.申請前年度的資金來源及使用情況、公益活動和非營利活動的明細情況：
6.具有資質(zhì)的中介機構(gòu)鑒證的申請前會計年度的財務(wù)報表和審計報告：
7.登記管理機關(guān)出具的事業(yè)單位、社會團體、基金會、民辦非企業(yè)單位申請前年度的年度檢查結(jié)論；
8.財政、稅務(wù)部門要求提供的其他材料。
有效期限和執(zhí)行時間
非營利組織免稅優(yōu)惠資格的有效期為五年。非營利組織應(yīng)在期滿前三個月內(nèi)提出復(fù)審申請，不提出復(fù)審申請或復(fù)審不合格的，其享受免稅優(yōu)惠的資格到期自動失效。
兩文件都是從2008年1月1日起執(zhí)行，在該文公布前發(fā)生的業(yè)務(wù)可參照相關(guān)條文納稅調(diào)整。
按期進行納稅申報
非營利組織必須按照《中華人民共和國稅收征收管理法》及《中華人民共和國稅收征收管理法實施細則》等有關(guān)規(guī)定，辦理稅務(wù)登記，按期進行納稅申報。取得免稅資格的非營利組織應(yīng)按照規(guī)定向主管稅務(wù)機關(guān)辦理免稅手續(xù)，免稅條件發(fā)生變化的，應(yīng)當自發(fā)生變化之日起十五日內(nèi)向主管稅務(wù)機關(guān)報告；不再符合免稅條件的，應(yīng)當依法履行納稅義務(wù)；未依法納稅的，主管稅務(wù)機關(guān)應(yīng)當予以追繳。取得免稅資格的非營利組織注銷時，剩余財產(chǎn)處置違反本通知第一條第五項規(guī)定的，主管稅務(wù)機關(guān)應(yīng)追繳其應(yīng)納企業(yè)所得稅款。