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企業(yè)所得稅匯算清繳是指企業(yè)在一定時期內(nèi)按照法律規(guī)定計(jì)算應(yīng)納企業(yè)所得稅的過程，包括核算應(yīng)納稅所得額、計(jì)算應(yīng)納稅額、抵扣已預(yù)繳稅款等。在企業(yè)所得稅匯算清繳中，預(yù)繳款項(xiàng)的處理方法如下：
1. 預(yù)繳款項(xiàng)抵扣：企業(yè)在匯算清繳時，可以將已經(jīng)預(yù)繳的企業(yè)所得稅款項(xiàng)抵扣應(yīng)納稅額。如果預(yù)繳款項(xiàng)大于應(yīng)納稅額，則可以退還多余的預(yù)繳款項(xiàng)。
2. 預(yù)繳款項(xiàng)結(jié)轉(zhuǎn)：企業(yè)在匯算清繳時，可以將已經(jīng)預(yù)繳的企業(yè)所得稅款項(xiàng)結(jié)轉(zhuǎn)到下一納稅期。結(jié)轉(zhuǎn)后的預(yù)繳款項(xiàng)可以抵扣下一期的企業(yè)所得稅應(yīng)納稅額。

需要注意的是，企業(yè)在匯算清繳時，應(yīng)當(dāng)提供預(yù)繳稅款證明等相關(guān)證明材料，以便稅務(wù)機(jī)關(guān)核實(shí)企業(yè)的預(yù)繳款項(xiàng)是否真實(shí)有效。