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根據《企業(yè)所得稅法》相關規(guī)定，允許捐贈金額扣除就是指在納稅期間，企業(yè)發(fā)生的捐贈后，可以從應納稅所得額中扣除相應的捐贈金額。 具體而言，《企業(yè)所得稅法》規(guī)定，捐贈的公益性捐贈金額，可以按本規(guī)定第三十二條第二款的規(guī)定扣除，即納稅人在全年內，對以下收支項目發(fā)生的費用憑證所示金額，可以從納稅人的本期應納稅所得額中扣除（即允許扣除的捐贈金額）： （一）捐贈給國家財政部門機關及其他公共福利事業(yè)的捐贈，但是不包括黨政機關和國家行政機關會議費、培訓費等所發(fā)生的捐贈； （二）為增進人民福祉、改善自然環(huán)境和維護生態(tài)平衡而作出的慈善捐贈。 因此，可以看出，某企業(yè)2019年度利潤總額為40萬元的情況下，當年發(fā)生的通過當地教育部門向農村義務教育的捐贈5萬元，屬于按照本規(guī)定第三十二條第二款的規(guī)定扣除的捐贈，可以允許企業(yè)扣除捐贈金額，即5萬元。 在稅收申報時，企業(yè)需要攜帶有關捐贈憑證，可以有效避免稅收違法行為。企業(yè)申報其他類型的收入時，還需要做出合理的說明，以確保稅務管理是合法的。 拓展知識：捐贈金額扣除是企業(yè)減稅的一種方式，但并不是所有的捐贈都可以享受扣除，只有符合稅法規(guī)定的捐贈才能扣除，否則企業(yè)就會增加稅務違法的風險。因此，在捐贈時，企業(yè)應當小心謹慎，務必符合稅法規(guī)定，以免發(fā)生稅務上的問題。