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根據(jù)異地稅局的相關規(guī)定，安排分公司開票，款項應該先收到分公司，再發(fā)給總公司。一般情況下，賬款會先被收到戶口，當開票后，發(fā)票會被發(fā)到分公司；稅務機關會對票據(jù)進行審核，以確認價款是否拿出，以及稅款及統(tǒng)計進項，稅費的應納稅形式；審定后，合同款項被收到分公司，再匯至總部，用于抵消應付款。拓展知識：盡管分公司可以開具發(fā)票，但有時分公司仍然沒有實際支付款項，那么可以采用總公司支付款項，分公司開具發(fā)票的方式，這樣可以實現(xiàn)金錢流動的流暢。