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非營利組織可以通過向稅務機關提交申請，申請免稅收入。具體流程如下：
1. 首先，非營利組織需要具備法人資格，且符合相關的免稅收入條件。
2. 然后，需要填寫《非營利組織免稅申請表》，并附上相關材料，如組織機構代碼證、稅務登記證、財務報表等。
3. 提交申請后，稅務機關將對申請材料進行審查，并進行現(xiàn)場核查。
4. 審核通過后，稅務機關將發(fā)放《非營利組織免稅證書》，非營利組織即可享受免稅待遇。

需要注意的是，非營利組織在享受免稅待遇的同時，也需要遵守相關的稅收法規(guī)和規(guī)定，如按時繳納稅款、及時報送財務報表等。